Поуздана дијагноза ендометриозе може бити начињена само лапараскопијом (преглед трбушне дупље оптичким инструментом кроз рез на трбуху дужине 1 cm). Естрогени хормони жене које нормално луче јајници, али и надбубрежне жлезде, а стварају се и у масном ткиву - стимулишу развој ендометриозе, док прогестерони, хормони које луче јајници а стварају се и у надбубрежним жлездама - ограничавају ефекат естрогена на раст и развој ћелија.
Мада савремена хормонска терапија која се користи у лечењу неплодности као последице ендометриозе није идеална - веома је успешна у отклањању болова који су последица ендометриозе. За сада постоје две методе лечења ендометриозе:
- хормонска терапија
- хируршка терапија
Хормонска терапија подразумева примену оралних контрацептива, хормона који спречавају зачеће и најчешће се узимају по схеми од 21 дан; у случају ендометриозе, терапија се, међутим, примењује континуирано шест месеци у периоду у ком нема менструалног крварења и у току којег неки ендометриозни импланти атрофирају. Овакав режим имитира хормонски статус који постоји током трудноће.
Примена тзв. LHRH агониста, хормона који сузбијају лучење хормона хипофизе и на тај начин изазивају престанак менструалних циклуса - данас је веома популарна у лечењу овог поремећаја. Основни нежељени ефекат ових хормона јесте појава акутних симптома менопаузе - топли таласи и остеопороза, што захтева примену додатних лекова. По прекиду терапије, болови се враћају код 20% пацијената сваке године током наредних пет година.
Примена даназола или прогестагена због нежељених ефеката не може бити дуготрајна, иако ови хормони имају антипролиферативан ефекат. Будући да наведена хормонска терапија не доводи до спречавања синтезе естрогена у периферним ткивима и из самих ендометријалних ћелија, пацијенткиње које су неосетљиве на наведене методе лечења могу бити лечене инхибиторима ароматазе; то је посебна група лекова која спречава стварање естрогена.
Још увек се терапија ендометриозе односи само на ублажавање болова, не и на излечење. Радикално лечење подразумева оперативно уклањање оба јајника, али ова интервенција не помаже у случајевима када је ендометриоза постменопаузна.